Фамилия Сагнаев — редкий случай, когда корень почти наверняка тюркский, а суффикс — русский, но точное значение прозвища остаётся предметом спора. Основа «сагна» или «сагнай» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) многозначна: от «считать, пересчитывать» до «беречь, жалеть». Наиболее вероятная версия — прозвище Сагнай давали человеку расчётливому, бережливому, возможно, сборщику податей или тому, кто вёл учёт скота или товара. Менее распространённая гипотеза связывает основу с диалектным «сагыну» — тосковать, скучать, но такое прозвище звучит нехарактерно для бытовой ономастики.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к тюркскому прозвищу Сагнай добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Это указывает, что предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, либо жил в регионе с сильным тюркским влиянием. Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — именно там встречаются носители Сагнаевых в переписях XIX века. Встречается она нечасто, что типично для прозвищ, не перешедших в массовые антропонимы.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «сагна» могло означать «сани» или «полозья», но эта версия слабая: для прозвища по предмету обихода обычно брали более употребительное слово, а «сагна» в значении саней — локальный диалектизм без широкого хождения. Поэтому расчётливый или экономный предок — самое правдоподобное объяснение. Социальный статус первых Сагнаевых, скорее всего, был крестьянским или мещанским, без дворянских корней: фамилия не фиксируется в родословных книгах и не образует аристократических ветвей.