Фамилия Саипов происходит от личного имени Саип — фонетического варианта арабского имени Сахип. В переводе с арабского оно означает «друг, спутник; товарищ, единомышленник». Родители, нарекая так сына, желали ему стать верным другом и хорошим товарищем для близких. Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе имени добавили притяжательный суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. То есть Саипов буквально значит «сын Саипа», «из семьи Саипа». По такому же принципу образованы десятки тысяч русских фамилий от Иванов до Петров, но основа здесь — восточное имя, что указывает на тюркские или мусульманские корни предков.

Истории известно имя Сагиб-Гирей (встречаются также написания Сахиб-Гирей и Саип-Гирей) — казанский хан в 1521–1524 годах и крымский хан в 1532–1551 годах. Он основал Бахчисарай, современный центр Крыма. Среди его заслуг — поощрение перехода ногайцев, кочевавших в степной части страны, к оседлому образу жизни, что укрепило экономику государства. Впрочем, связывать конкретную семью Саиповых с этим правителем нет оснований: имя было распространено само по себе, а не только в ханских родах.

Стоит учесть, что имя Саип/Сахип бытовало у разных народов, исповедовавших ислам, — у татар, башкир, чеченцев, народов Кавказа. Поэтому фамилия Саипов встречается в Поволжье, на Урале, на Северном Кавказе и в Средней Азии. В каждом регионе её носители — потомки людей, которых когда-то звали Саипом, но дальше история каждой ветви складывалась по-своему.

Иногда фамилию путают с похожими по звучанию — Саитов, Сапаров, Саидов. Но это разные основы: Саитов восходит к имени Саит (счастливый, удачливый), а Саидов — к арабскому Сайид (господин, потомок пророка). Саипов же связан именно с «другом и товарищем». Такое различие помогает точнее понять, от какого имени пошла конкретная семья.