Фамилия Сайибов — редкая и неочевидная с точки зрения привычной русской фамильной модели. Если отбросить типовой суффикс -ов, который просто указывает на принадлежность («чей сын?»), остаётся основа «Сайиб». Именно в ней ключ к происхождению.

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или арабо-тюркского корня. В тюркских языках (особенно в татарском, башкирском, казахском, узбекском) слово «сайып» или «саиб» означает «хозяин», «владелец», «господин». Это прямой аналог арабского «сахиб» (صاحب) — «друг», «спутник», «обладатель». В исламской культуре слово часто входит в состав имён и прозвищ: например, Сахиб-Заде («рождённый господином») или просто Сахиб как уважительное обращение к знатному человеку. Таким образом, прозвище Сайиб мог получить либо зажиточный человек, либо тот, кого в шутку или всерьёз называли «хозяином» — например, глава большого рода или удачливый торговец.

В русской среде фамилия закрепилась через суффикс -ов, характерный для русских фамилий. Это значит, что носители фамилии — скорее всего, потомки тюркских народов (татар, башкир, ногайцев), которые перешли на русский язык и приняли русскую фамильную форму. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками жили татары и башкиры, а также в среде кавказских народов, где арабское «сахиб» тоже было распространено.

Интересно, что в некоторых тюркских языках «сайып» может быть и формой глагола со значением «выбирать», «отбирать». В этом случае прозвище могло относиться к человеку разборчивому, придирчивому или к тому, кто занимался отбором товара, скота. Но версия с «хозяином» более распространённая и подтверждается ономастическими данными: в словарях тюркских имён и прозвищ значение «господин» фиксируется как основное.

В отличие от фамилий вроде Сайфутдинов или Сайдашев, где корень «сай» — часть арабского имени (Сайф — «меч»), здесь основа самостоятельная. Фамилия Сайибов не указывает на конкретное ремесло или место жительства, а скорее на социальный статус предка. Носителю такой фамилии стоит искать корни в среде, где арабская лексика смешивалась с тюркской — скорее всего, в татарской или башкирской среде дореволюционной России.