Фамилия Саковничая — редкий случай в русской ономастике, и её разбор требует внимания к деталям. Главная загадка здесь — основа «саковн-». В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, эта образована по модели притяжательных прилагательных женского рода с суффиксом -ич- и окончанием -ая. Такая форма типична для фамилий, которые закрепились за женщинами в сословной среде (например, в купеческих или мещанских семьях), где жену или дочь называли по прозвищу мужа или отца: Саковничий → Саковничая. Мужской вариант — Саковничий — практически не встречается, что само по себе указывает на редкость рода.

Корень «саковн-» скорее всего восходит к слову «саковня» — так в некоторых говорах называли сачок для ловли рыбы или птиц, либо мешок-сеть. Прозвище Саковня могли дать рыбаку, птицелову или тому, кто плёл такие снасти. Менее вероятна связь с диалектным «саковный» — относящийся к саку, то есть к особой мере сыпучих тел (от тюркского «сак» — мера веса). В этом случае прозвище могло указывать на торговца зерном или мерщика на базаре. Третья, слабая гипотеза — от фамилии Саков (из крестильного имени Исаак в народной форме Сак), но суффикс -овн- здесь нехарактерен для русской патронимии, поэтому эта версия малоправдоподобна.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям — там, где рыболовство и торговля были основой быта. В дореволюционных переписях Саковничие могли записывать как «мещане» или «однодворцы» — то есть люди не крепостные, но и не дворяне. Встречается и вариант написания с одной «н» — Саковичая, что лишь подтверждает народное произношение, где суффикс сливался с основой.

Таким образом, носитель фамилии Саковничая с высокой долей вероятности происходит из семьи ремесленников или мелких торговцев, чьё прозвище пошло от орудия труда — саковни. В отличие от многих «профессиональных» фамилий, эта сохранила женскую форму, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска: если вам встретится Саковничая, это почти наверняка женщина, а мужская линия рода носила фамилию Саковничий, которая почти исчезла.