Фамилия Саковнин — редкий случай, когда суффикс помогает понять историю точнее, чем корень. Модель на -ин указывает на происхождение от личного имени или прозвища, оканчивавшегося на -а/-я. В основе лежит имя Саковня — неканоническое, скорее всего, прозвищное. И вот тут начинается самое интересное: «Саковня» могло быть уменьшительной формой от имени Сак или Сако, которые в старину давали по дню святого Исаакия (в народном произношении — Сак). Но есть и более бытовая версия.

Слово «саковня» в русских говорах означало нечто вроде «сак» — мешок, сумка или рыболовная снасть. Прозвище Саковня мог получить либо человек, делавший такие мешки, либо тот, кто постоянно носил с собой большую торбу (например, странник или торговец). В ономастике такие «вещные» прозвища встречаются часто: Борода, Ложка, Котомка — и Саковня из того же ряда. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Саковнин, то есть потомок Саковни.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ин традиционно преобладал над -ов. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник жил в одной волости или посаде, и его прозвище не успело «разойтись» по стране. Сравните с однокоренной, но более редкой фамилией Саков — она образована напрямую от имени Сак, без промежуточного «уменьшительного» звена.

Таким образом, Саковнин — это типичная «патронимическая» фамилия, но с прозвищной основой, которая отсылает нас либо к церковному имени, либо к бытовому предмету. Второй вариант кажется правдоподобнее: прозвища по роду занятий или внешним приметам давались чаще, чем производные от редких форм канонических имен.