Фамилия Саковых — редкий случай, когда форма множественного числа (Саковы) в родительном падеже стала самостоятельной фамилией. Обычно такие окончания на -ых/-их встречаются в северных и сибирских говорах, где фамилии не склоняли, а закрепляли в форме «чей?»: «сын Саковых». Со временем это застывшее окончание перешло в паспорт, и человек стал просто Саковых, а не Саков.

Основа фамилии — имя или прозвище Сак. В древнерусском языке «сак» означал мешок, сумку, а также рыболовную снасть — мережу. Прозвище Сак могли дать либо торговцу, носившему товар в мешке, либо рыбаку, либо человеку с заметной одеждой — например, в просторной, мешковатой верхней одежде. Не исключено и происхождение от тюркского корня: в ряде тюркских языков «сак» значит «осторожный», «бережливый», а у казахов «сак» — название одного из родов.

Менее вероятна, но возможна связь с крестильным именем Исаак (в просторечии — Сак), хотя такая форма сокращения нехарактерна для русской традиции: обычно Исаковы пошли бы от Исака, а не от Сака.

Фамилия Саковых встречается в основном в Центральной России и Поволжье, единичные случаи — на Урале. В дореволюционных переписях носители фамилии числились чаще крестьянами, реже — мещанами. Примечательно, что в некоторых документах XIX века фамилию записывали как Саковы, а в советских паспортах она закрепилась именно в родительном падеже — Саковых, что говорит о региональной особенности оформления фамилий в данной местности.