Фамилия Сакурина — женская форма, мужская — Сакурин. В её основе, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Сакура. В русских говорах так называли не только дерево, но и человека с определёнными чертами: «сакурой» могли прозвать плаксу, нытика (от диалектного «сакурить» — хныкать, капризничать) или, наоборот, того, кто любит сладкое, лакомку (по аналогии с «сахаром»). В некоторых областях слово «сакура» означало «сосулька» — прозвище могли дать высокому и худому человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сакурин — «сын Сакуры» или «из семьи Сакуры». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия встречается в основном на северо-западе России, особенно в Псковской и Новгородской областях, где диалектное слово «сакура» было в ходу. В центральных и южных регионах она редка.

Версия о происхождении от названия японской вишни (сакуры) маловероятна: фамилия славянская по словообразованию, а заимствование слова «сакура» в русский язык произошло значительно позже, чем сложились фамилии. Скорее всего, это чисто русское прозвище, которое со временем закрепилось как фамильное имя.