Фамилия Салапонов почти наверняка — фонетический вариант более распространённой фамилии Шалапонов. Такая замена начального «ш» на «с» — не редкость в народной речи, когда слово усваивается на слух и слегка переиначивается. Основа у обеих фамилий одна — прозвище Шалапон, а оно, в свою очередь, восходит к слову «шалапай», которым в старину называли рослого, нескладного человека. То есть прозвище указывало на особенности внешности предка: высокий рост и, возможно, неуклюжесть или угловатость фигуры. Такого человека могли окликнуть Шалапоном, и это имя-прозвище закреплялось за ним как самое употребительное, вытесняя крестильное имя.

Существует и вторая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, фамилия образована напрямую от прозвища Салапон, которое связывают с украинским словом «салоп» — так называлась верхняя женская одежда в виде длинной накидки с прорезами для рук. В этом случае основатель рода мог заниматься изготовлением или продажей такой одежды. Однако против этой гипотезы говорит то, что прозвище по ремеслу обычно звучало бы как Салопник или Салопов, а форма Салапон выглядит искусственной. К тому же связка с «шалапаем» объясняет и значение, и звучание куда естественнее.

Исторически прозвища, данные по внешности, были очень распространены на Руси — они помогали различать людей с одинаковыми именами в деревне или слободе. Прозвище Шалапон, как и многие другие, со временем перешло в фамилию: сначала им называли сына — «Шалапонов сын», а затем это закрепилось за всем родом. Так потомок человека, которого дразнили за высокий рост и нескладность, получил фамилию Салапонов, сохранив в ней память о своём предке.