Фамилия Салафонов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем, а с профессией или характером человека. Модель образования стандартна для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень Салафон — это адаптированная на русской почве форма греческого имени Салафон.

Имя Салафон (или Салафонтий) в святцах не встречается, но в народном православии бытовало как вариант канонического имени Силуан или Сильвестр. Однако гораздо интереснее другая версия. В русских говорах, особенно в южных и центральных областях, «салафоном» называли нерасторопного, простоватого человека, ротозея. Слово это могло произойти от тюркского «салаф» — предшественник, старейшина, но в крестьянской среде приобрело ироничный оттенок. Прозвище Салафон давали либо медлительному работнику, либо, наоборот, человеку, который любил покрасоваться, но делал это неуклюже.

Таким образом, основатель рода Салафоновых, скорее всего, получил уличное прозвище по поведению или внешнему виду. Фамилия закрепилась за его потомками без изменений, и сейчас её носители могут встретиться в разных регионах России, хотя она остаётся достаточно редкой. В документах XVII–XVIII веков упоминания людей с таким прозвищем встречаются среди однодворцев и государственных крестьян, что подтверждает её простонародное, недворянское происхождение.