В основу фамилии Сарафонов легло церковное имя Серапион. Фамилия Сарафонов образована от имени Серапион, которое в переводе с греческого означает «посвященный богу Серапису». Серапис - египетский бог жизни, смерти и исцеления. Вероятно, в основу фамилии легло искаженное произношение данного имени, его форма, распространенная на некоторой территории. В результате, потомок человека, обладающего именем Серапион, со временем получил фамилию Сарафонов.