Фамилия Серафонова — женская форма фамилии Серафонов, и её происхождение напрямую связано с мужским каноническим именем Серафим. В основе лежит фонетическое изменение: имя Серафим в народном произношении нередко упрощалось до Серафон. Это типичный случай, когда сложное для повседневной речи церковное имя адаптировалось бытовой традицией, теряя один звук. Исходное имя происходит от древнееврейского «серафим» — огненные ангелы, высший ангельский чин, что делает фамилию Серафонова одной из «ангельских» русских фамилий, хоть и в искажённой форме.

Модель образования стандартна для русской ономастики: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе имени или прозвища отца, указывая на принадлежность («чей сын?» — «Серафонов»). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Серафон (в крещении Серафим). Женская форма Серафонова закрепилась как фамилия для женщин или как указание на жену Серафонова, но в современном употреблении это просто грамматический вариант.

Географически фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где было сильно влияние старообрядчества или северных говоров — например, в Архангельской, Вологодской областях и в Поволжье. Именно в этих местах народная перестройка церковных имён (Серафим → Серафон, Параскева → Прасковья, Иоанн → Иван) держалась дольше и фиксировалась в документах. Есть также версия, что в редких случаях фамилия могла образоваться от топонима Серафоново или от прозвища, связанного с местным говором, но она менее убедительна — имя-основа здесь первична.

Спорных гипотез у этой фамилии немного. Иногда её путают с фамилией Серафимов (от полной формы имени), но Серафонова — именно результат народного сокращения, а не ошибка писаря. В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) такие случаи описываются как характерные для русской фамильной системы: «живое» произношение побеждало книжное. Носители фамилии могли быть крестьянами, мещанами или духовенством, но точных сословных данных без генеалогического исследования нет, и приписывать их к определённому слою было бы натяжкой.

Что отличает эту фамилию от десятка других на -ов, так именно её «огненный» корень: через искажённое Серафон она восходит к одному из самых поэтичных образов христианства — шестикрылым ангелам. Это редкий случай, когда бытовая фамилия хранит в себе отсылку к небесной иерархии, пусть и в изменённом виде.