Фамилия Серафонтов — редкий случай в русской ономастике, где книжное, церковное имя дало нестандартную бытовую форму. В основе лежит каноническое имя Серафим (др.-евр. «огненный, пламенный»), но не напрямую, а через его просторечный вариант Серафон. В народной среде сложное для произношения имя нередко упрощали: меняли «фим» на более привычное «фон» — так появился Серафон, а от него и фамилия Серафонтов.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Серафонтов буквально значит «сын Серафона». В официальных документах, особенно в метрических книгах XIX века, можно встретить и написание Серафимонтов, но Серафонтов — более архаичный и устойчивый вариант, закрепившийся именно в крестьянской и мещанской среде.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России. В переписях и ревизских сказках Серафонтовы встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — там, где церковные имена дольше сохранялись в народной обработке. В отличие от южнорусских областей, где фамилии чаще образовывались от прозвищ, здесь преобладала модель «от крестильного имени».

Род занятий предков-Серафонтовых, скорее всего, был связан с земледелием или ремеслом. Имя Серафим считалось монашеским, но в миру его давали нередко, и носители фамилии не обязательно имели отношение к духовенству. Однако в некоторых случаях Серафонтовы могли происходить из семей церковнослужителей: дьячков или пономарей, где имя Серафим было особенно популярно.

Любопытная деталь: фамилия Серафонтов стоит в одном ряду с такими же «упрощёнными» вариантами, как Серафимов, Серафимович и даже Серафонов. Но именно форма Серафонтов — самая редкая и наиболее удалённая от исходного церковного звучания. Она показывает, как живой язык переделывал книжное слово под свою фонетику, и это делает её ценным материалом для историка русского быта.