Фамилия Серафонтова — женская форма от Серафонтов, а её основа — редкое имя или прозвище Серафонт. Сразу отметим: это не опечатка и не народное искажение хорошо известного имени Серафим. Перед нами самостоятельная, хоть и малочисленная, ветвь русских фамилий, образованных от канонического имени Серапион.

Имя Серапион пришло на Русь из греческого через церковнославянский язык, где означало «посвящённый Серапису» — египетскому божеству, культ которого был распространён в эллинистическом мире. В святцах оно закрепилось благодаря нескольким раннехристианским святым, в том числе священномученику Серапиону, епископу Тмуитскому. Однако в народном произношении имя быстро обрастало диалектными формами: Серапион превращался в Серахвиона, Сахвиона, а в некоторых говорах — в Серафонта. Переход «п» в «ф» и замена «и» на «о» — типичные черты русской устной традиции, стремившейся сделать непривычное греческое имя более удобным для произношения.

Таким образом, Серафонт — это народная версия имени Серапион. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Серафонтов буквально означает «сын Серафонта». В крестьянской и купеческой среде, где фамилии часто складывались стихийно, такая форма была совершенно нормальной. Фамилия фиксируется в основном в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где архаичные говоры дольше сохраняли подобные фонетические особенности. Если ваши предки носили фамилию Серафонтовы, велика вероятность, что они были выходцами из Русского Севера, а родоначальник в документах XVII–XVIII веков мог быть записан как Серапион, но в быту звался Серафонтом.

Встречается и вариант написания через «о» во втором слоге — Сорофонтов, что отражает ещё более сильное аканье или просто ошибку писаря. Но исходная, этимологически верная форма — именно Серафонтов, от имени Серафонт, которое, в свою очередь, является упрощением церковного Серапион.