Фамилия Салафонова — женская форма фамилии Салафонов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Салафон. В основе лежит редкое личное имя Салафон, которое представляет собой народную, разговорную переработку канонического имени Силуан (от латинского Silvanus — «лесной», «живущий в лесу»). В русских говорах имя Силуан нередко трансформировалось в Салафон, Селиван, Силуян — это типичная для простонародной речи замена звуков и упрощение труднопроизносимых сочетаний.

Морфологически фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Салафон добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Салафона). Окончание -а в женском варианте — чисто грамматический показатель рода. Таким образом, Салафонова буквально означает «дочь или жена Салафонова» (то есть человека, носившего прозвище или имя Салафон).

Географически фамилия встречается в основном на Русском Севере и в центральных областях России, но не является массовой. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Салафонов не упоминается как отдельная статья, однако однокоренные варианты — Салафонов, Салафоновский — фиксируются в переписных книгах XVII–XVIII веков. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по отцу или деду, которого в быту звали Салафоном.

Интересная деталь: в некоторых местных говорах слово «салафон» могло иметь и иное, прозвищное значение — так называли нерасторопного, рассеянного человека (от диалектного «салафонить» — «зевать, ротозейничать»). Однако эта версия менее вероятна, так как церковное имя Силуан давало устойчивую основу для фамилии, а прозвищное значение было бы скорее исключением. Так или иначе, сегодня фамилия Салафонова — это редкий, но живой след древнерусской адаптации христианских имён, сохранившийся в нескольких семьях.