Фамилия Салеги — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. В русском языке суффикс -ега (-ег-) встречается в основном в северных и северо-западных говорах (ср. фамилии Ботега, Шулега, Корега). Он указывает на принадлежность к местности или на характерный признак, часто с оттенком пренебрежения или уменьшительности. Но в данном случае основа «Сал-» не даёт очевидного славянского прозвища. Самая убедительная версия — топонимическая.

Фамилия образована от названия реки Салега (или Саляга), которая протекает в Вологодской области, в бассейне Сухоны. В этом регионе топонимы на -ега типичны для финно-угорского субстрата: они восходят к вепсскому или карельскому «jogi» — река. Со временем местные жители, переселившиеся с берегов этой реки в другое село или город, получали прозвище «Салега» — «тот, кто с Салеги». Суффикс -и в фамилии — это либо русский родительный падеж множественного числа («из рода Салег»), либо адаптация исходного прозвища под фамильную модель без дополнительного патронимического суффикса. Такая модель (чистая основа + -и) характерна для украинских и южнорусских фамилий, но в данном случае она могла возникнуть и на севере как вариант записи.

Менее вероятна, но допустима версия от финно-угорского личного имени. В коми-пермяцком языке «саль» означает «соль», а «салега» могло быть прозвищем солевара или торговца солью. Однако солеварные промыслы известны именно в тех же северных районах (Тотьма, Сольвычегодск), где есть река Салега, так что обе версии не противоречат друг другу географически. Вывод: предки носителя фамилии Салеги с высокой вероятностью жили на Русском Севере, в бассейне Северной Двины, и их фамилия либо прямо повторяет название реки, либо связана с соляным промыслом. Фамилия редкая, в списках массовых не значится, что подтверждает её узкорегиональное происхождение.