Фамилия Саликаев образована от имени собственного и относится к распространенному типу восточных фамилий. Основой фамилии послужило имя Мафусаил. Фамилия Саликаев тюркского происхождения и восходит к одному из имен двадцати восьми пророков, взятых Кораном из библейской традиции, — Мафусаил. При образовании фамилии происходило усечение части производящей основы (мафу-) и добавление элемента -каев. Таким образом, потомки человека, обладающего именем Мафусаил, со временем получили фамилию Саликаев. Поэтому точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Саликаев, сложно.

Модель образования здесь необычная. В русской ономастике привычнее видеть суффиксы -ов или -ин, а здесь мы встречаем усечение корня и наращение тюркского форманта. Исходное библейское имя Мафусаил, известное как символ долголетия (по преданию, он прожил 969 лет), в коранической традиции соотносится с пророком Идрисом, хотя в ряде толкований упоминается и отдельный персонаж. В тюркской среде это имя адаптировали, отбросив начальный слог, что дало основу «Саликай». Такая фонетическая перестройка типична для заимствований: иноязычное имя подгонялось под привычные звуковые сочетания.

Сама фамилия указывает на патронимический характер: Саликаевы — это потомки человека по имени Саликай. Встречается она преимущественно в среде тюркоязычных народов, в том числе у татар и башкир, а также в регионах, где исторически происходило смешение славянского и тюркского населения, например в Поволжье и на Урале. В документах XIX века подобные фамилии часто фиксировались именно в такой форме, с окончанием -ев, что указывает на обрусение тюркской основы.

Отдельного внимания заслуживает сам корень. Если отбросить версию о пророческом имени, можно предположить связь с тюркским словом «салык» — дань, подать. В этом случае прозвище Саликай мог получить сборщик податей или человек, обязанный выплачивать оброк. Однако эта гипотеза слабее: имя собственное, восходящее к священной истории, встречается в источниках чаще, чем прозвище, связанное с фискальной службой. К тому же усечение именно библейского имени объясняет необычную форму фамилии без дополнительных допущений.

Сословной принадлежности первых Саликаевых мы не знаем. Фамилия могла закрепиться и за служилыми людьми, и за крестьянами, и за торговцами — в тюркской среде патронимы не были привилегией знати. В советское время фамилия сохранилась без изменений, хотя в некоторых ветвях встречается вариант Саликаев с ударением на втором слоге, что тоже говорит о разной региональной традиции произношения.