Фамилия Салыкаев — редкий случай, где тюркская основа почти не претерпела изменений при русификации. В отличие от большинства фамилий на -ов, которые образовались от полных имён или прозвищ с помощью суффикса принадлежности, здесь исходное слово «салыкай» или «салыка» само по себе уже содержит тюркский аффикс -кай/-кей, уменьшительно-ласкательный или уничижительный. По сути, русский суффикс -ев лишь оформил тюркское имя в фамилию: Салыкай + ев.

Корень «салы» восходит к древнетюркскому «сал» — плот, паром, или к более широкому значению «ставить, класть, сплавлять». В казахском, башкирском и татарском языках «салы» — это плот, а «салык» может означать «налог, подать» (от арабского заимствования через тюркские языки). Отсюда две основные версии происхождения прозвища Салыкай.

Первая, более конкретная: так могли прозвать человека, который занимался сплавом леса или перевозкой на плотах. В Поволжье и на Урале, где жили башкиры, татары и мишари, сплав по рекам был распространённым промыслом. Прозвище Салыкай — «плотогон», «плотовщик» — затем стало именем, а потом и фамилией. Вторая версия связывает прозвище со сборщиком податей или человеком, обязанным платить налог (салык), но она менее вероятна: в русской антропонимике прозвища от сословно-фискальных терминов встречаются реже, чем от ремёсел.

Суффикс -кай в тюркских именах (например, Толыбай — Толыкай, Кунакбай — Кунаккай) часто указывал на младшего, уменьшительного или пренебрежительного — «маленький Салы», «Салы-младший». Это говорит о том, что основателем фамилии был, скорее всего, не старший в роду, а младший сын или человек невысокого социального статуса.

Фамилия Салыкаев почти не встречается в европейской части России за пределами Башкортостана, Татарстана и Оренбургской области. Это типично для фамилий, образованных от тюркских имён с конечным -кай: они локализованы в ареалах расселения башкир и татар, где в XIX веке шёл массовый переход от личных имён к фамилиям. В дореволюционных метрических книгах форма могла писаться как Салыкаевъ или Салыкайевъ, но в современном написании закрепился вариант с одним -й-.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не разбирается отдельно, но она подпадает под общий принцип: тюркские основы на -кай, -кей, -гай дают фамилии на -каев/-кеев. Родственные фамилии — Салыков, Саликаев, Салакаев — различаются огласовкой и степенью русификации, но восходят к тому же корню «салы».