Фамилия Салькаева — женская форма, а мужская, Салькаев, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или [й], что указывает на исходную форму, скорее всего, Салькай или Салькой. В русской ономастике фамилии с таким окончанием часто означали принадлежность: «сын Салькая» или «из дома Салькая».

Корень «сальк-» — самый интересный и неоднозначный. Первая и наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть слово «салык» (налог, подать) или «салкын» (холодный, спокойный). Прозвище Салькай могли дать сборщику податей, человеку с холодным нравом или, наоборот, спокойному и уравновешенному. В тюркских языках суффикс -ай/-кай часто образует ласкательные или уменьшительные формы имён (например, Салькай — как «Салькушка» или «маленький Салык»). В таком случае основа — личное имя Салык, которое до сих пор встречается у татар и башкир.

Вторая версия, менее распространённая, — связь с русским диалектным словом. В некоторых говорах «салька» — это уменьшительное от «сало» (кусочек сала) или название небольшой рыбы (салака, килька). Прозвище Салька могли дать торговцу салом, рыболову или просто упитанному человеку. Однако в таком случае фамилия скорее писалась бы через «о» (Солькаев) или имела бы суффикс -ин (Салькин). Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Салькаев/Салькаева наиболее характерна для Поволжья и Приуралья — регионов с сильным татарским и башкирским влиянием. Встречается она в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это косвенно подтверждает тюркскую основу: фамилии на -ев с таким корнем там не редкость, в отличие от центральной России.

Сословный состав носителей фамилии был разнообразным. Среди Салькаевых встречались как государственные крестьяне, так и представители служилых татар (мурзы и князья), которые после присоединения Казанского ханства переходили на русскую службу и получали поместья. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах мещан и купцов, что говорит о её укоренении в разных социальных слоях.

Таким образом, фамилия Салькаева, скорее всего, восходит к тюркскому имени или прозвищу Салькай, связанному либо с понятием «налог», либо с личным качеством. Её носители — потомки людей из тюркоязычной среды Поволжья, чья фамилия органично вписалась в русскую антропонимическую систему.