Фамилия Салькаев образована от тюркского имени Салькай, которое, в свою очередь, восходит к древнему корню «сал-» — «класть, ставить, отправлять». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имена с основой «сал» часто давали мальчикам с пожеланием быть опорой рода, «поставленным» на ноги, крепким. Суффикс -кай — уменьшительно-ласкательный, характерный для тюркских личных имён (сравните с именами Камай, Тукай, Булаткай). Таким образом, Салькай — это нежное, домашнее прозвище или имя, означавшее что-то вроде «маленький оплот» или «поставленный (на ноги)».

Фамилия Салькаев — типично русская по форме, но тюркская по корню. Она построена по модели притяжательных прилагательных: к основе Салькай добавили русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Окончание -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Салькаев, то есть сын или потомок Салькая. Судя по распространённости, фамилия наиболее характерна для татарских и башкирских родов, особенно в Поволжье и на Урале, где активно происходила русификация тюркских имён в XVI–XIX веках.

Встречаются варианты написания: Салкаев, Салькай. Последний — более архаичный, сохранивший исходную тюркскую огласовку. В документах XIX века, в метрических книгах Казанской и Оренбургской губерний, фамилию могли записывать как «Салькаевъ» с твёрдым знаком на конце.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её путают с фамилией Сальков (от слова «сало» или от имени Салко), но это разные корни: в тюркском «сал» не имеет отношения к жиру. Также не стоит связывать её с кавказскими фамилиями на -ев — Салькаев явно волжско-тюркского происхождения.

В дореволюционной России носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, не принадлежали к знати. Фамилия не попала в дворянские родословные книги — это массовая, народная фамилия, возникшая в среде, где тюркские имена свободно переходили в русские фамилии.