Фамилия Салькаевы — один из тех случаев, когда на слух легко угадать нерусское происхождение, но конкретная этимология требует разбора. Основа фамилии — «Салькай» или «Салька» — не встречается в древнерусских именах и прозвищах, зато хорошо ложится в тюркскую и кавказскую ономастику. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ев (притяжательное значение: «чей?» — Салькаев, то есть потомок Салькая). Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Салькай → Салькаев.

Самое вероятное объяснение — происхождение от тюркского мужского имени Салькай. В ряде тюркских языков корень «сал» означает «класть», «ставить», «посылать», а аффикс -кай может быть уменьшительно-ласкательным. Имя Салькай могло означать «посланный» или «поставленный» (например, в значении «ребёнок, данный Богом»). Такие имена были распространены у башкир, татар, ногайцев. Встречается и другая версия: связь с кавказским (осетинским или ингушским) словом «салк» — «холодный», «свежий». Тогда Салькаев — потомок человека по прозвищу Салька (Холодный), что могло характеризовать либо внешность, либо характер.

География фамилии также подсказывает направление поиска. Салькаевы чаще всего встречаются в республиках Северного Кавказа (Чечня, Ингушетия, Дагестан) и в Оренбургской области. Это указывает на два независимых ареала: кавказский и поволжско-уральский (татаро-башкирский). В каждом из них фамилия могла возникнуть независимо, от схожих по звучанию, но разных по смыслу основ.

Интересно, что фамилия не попала в основные академические словари русских фамилий (например, в словарь Б. Унбегауна), что подтверждает её локальный и относительно поздний характер. Скорее всего, Салькаевы — это потомки крещёных или обрусевших тюркских или кавказских народов, которые получили фамилию в XIX — начале XX века, когда шёл массовый учёт населения. Прозвище или имя Салькай стало наследственным, а затем закрепилось в документах с типичным русским окончанием.