Фамилия Салкиндер — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское, и разгадка кроется в сложении двух основ. Первая часть, «сал», в тюркских языках может означать «плот», «сплавлять по воде» или же восходить к глаголу со значением «класть», «ставить». Вторая часть, «киндер», скорее всего, является искажённым тюркским «кентер» или «гындыр» — «сахар», «сладкий». Таким образом, Салкиндер могло быть составным прозвищем, которое в буквальном смысле переводится как «кладущий сахар» или «сладкий на плоту». Однако более правдоподобная версия — что это прозвище человека, занимавшегося перевозкой или торговлей сахаром по воде, своего рода «сахарный сплавщик». В тюркской среде такие сложные имена-прозвища, описывающие занятие или характерную деталь, были распространены.

Суффикс в фамилии отсутствует — это так называемая «голая» основа, что характерно для фамилий, заимствованных из тюркских языков без переоформления русскими патронимическими суффиксами. В русском языке такая модель встречается редко и обычно указывает на позднее или непосредственное заимствование, возможно, через посредничество татарских, башкирских или казахских родов. Фамилия могла закрепиться за переселенцами из Поволжья или Приуралья, где тюркское влияние на фамилии особенно сильно.

Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде татар-мишарей или сибирских татар. В дореволюционных метрических книгах Салкиндеры могли записываться как «Салкиндеров» — с добавлением русского суффикса, но со временем первоначальная форма возобладала. Единичные носители фамилии сегодня встречаются в Башкортостане и Татарстане, что подтверждает тюркский след. Альтернативная, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с немецким диалектным словом «Salz» (соль) и «Kinder» (дети), но для этого нет географических оснований — фамилия не зафиксирована в регионах немецкой колонизации.