Фамилия Сальмаер — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом сразу ставит в тупик: что это — немецкое сложное слово, искусственное образование или искажённая фамилия переселенца? Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) происхождения, записанная кириллицей. В основе лежат два корня: «Сальм» и «аер». Первый, «Сальм» (Salm), может восходить к названию реки Сальм в Германии, к фамилии древнего графского рода Сальм или к слову «Salme» (псалом) в диалектах. Второй компонент, «аер», вероятно, искажённое немецкое «-er» — суффикс деятеля или жителя. В таком случае «Сальмаер» — это человек из местности Сальм или служитель при церкви, связанный с псалмами.

Более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как русификация немецкой фамилии Salmeier. В немецком «Meier» — управляющий, староста, арендатор. «Salm» в этом контексте могло быть прозвищем (от «Salm» — лосось, или от названия рыбы в диалектах). Тогда Сальмаер — это «управляющий Сальм», то есть человек, работавший на владельца поместья Сальм или живший у реки Сальм. В пользу немецкого происхождения говорит и типичный для немецких фамилий суффикс «-ер», который в русской передаче часто пишется как «-ер» или «-аер» (ср. Шнайдер — Шнайдер, но иногда и Шнайдерман).

Славянского суффикса в фамилии нет, что сразу исключает типичную восточнославянскую модель образования (через -ов, -ин). Фамилия не склоняется по падежам как типичная русская, но в бытовой речи её могут адаптировать. Встречается она крайне редко, в основном в южных регионах России и на Украине, куда в XVIII–XIX веках переселялись немецкие колонисты. Возможно, первоначальная форма была Salmayer или Salmajer, а при записи в метрических книгах «ay» превратилось в «а» через влияние украинского произношения.

Итог: Сальмаер — фамилия-пришелец, скорее всего немецкая, означающая либо «житель с реки Сальм», либо «управляющий Сальма». Носители этой фамилии — потомки переселенцев или людей, получивших фамилию по месту службы. Никакой связи с русскими словами «сало» или «майор» здесь нет, хотя внешнее сходство может вводить в заблуждение.