Фамилия Самаратова — женская форма, а мужская, Самаратов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Самаратов буквально значит «сын Самарата» или «человек из рода Самарата». Вопрос в том, что скрывается за основой «Самарат».

Самое прямое объяснение — связь с городом Самара. Но здесь есть нюанс. Фамилии, образованные от названий городов, обычно имеют суффикс -ский/-цкий (Самарский, Самарец). Форма Самаратов скорее указывает на прозвище или имя Самарат, которое могло возникнуть у человека, приехавшего из Самары или имевшего с ней отношение. В русских говорах такое прозвище могли дать переселенцу — «самарат» как «самарец», но с просторечным окончанием.

Вторая версия, более редкая, но возможная — диалектное слово «самара» (длиннополая одежда, иногда бурка) или «самарка» (сорт яблок). В таком случае Самарат — человек, который шил такую одежду или торговал яблоками. Однако эта версия менее надёжна, так как слово «самарат» в значении «одежда» не фиксируется в основных исторических словарях.

Нельзя полностью исключать и тюркское влияние. В татарском и башкирском языках есть имя Самар, а суффикс -ат может быть вариантом арабского -ат (множественное число или женский род). Но для фамилии Самаратов это скорее случайное созвучие: в русской среде фамилия явно славянская по модели, и тюркская основа маловероятна без дополнительных семейных преданий.

Итак, наиболее правдоподобно: предок носителя фамилии получил прозвище Самарат как указание на место жительства или происхождения — из Самары или самарских земель. Фамилия не слишком распространена, встречается в Поволжье, что косвенно подтверждает географическую привязку.