Фамилия Самаркиди — одна из тех, что сразу выдают греческие корни носителя. Её окончание -иди (встречается также вариант -идис) — это типичный патронимический суффикс в греческом языке, означающий «сын» или «потомок». По этой же модели образованы фамилии Хаджиди, Павлиди, Иоанниди. Таким образом, Самаркиди буквально означает «потомок Самаркиса».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Самаркис. Точное происхождение этого имени спорно, но наиболее вероятная версия связывает его с греческим словом «самара» (σάμαρα) — «седло». В таком случае Самаркис — это «седельник», то есть мастер по изготовлению сёдел, либо человек, получивший такое прозвище по роду занятий. Менее распространённая гипотеза возводит основу к топониму Самара, но для греческой ономастики это скорее исключение, чем правило: фамилии от названий городов в Греции обычно оформляются иначе.

С географической точки зрения фамилия Самаркиди характерна для понтийских греков — выходцев с южного побережья Чёрного моря (историческая область Понт). После трагических событий начала XX века, включая обмен населением между Грецией и Турцией, многие понтийцы переселились в Грецию, а также в Российскую империю и СССР. Поэтому в России и Украине эта фамилия встречается в среде греческих диаспор, особенно в Краснодарском крае, Крыму, Донецкой области.

В русском языке фамилия Самаркиди, как и другие греческие фамилии на -иди, обычно не склоняется по падежам. Это отличает её от славянских фамилий и подчёркивает её иноязычное происхождение. Социальный состав носителей был разнообразен: среди греков-понтийцев встречались и ремесленники, и торговцы, и крестьяне, поэтому фамилия не указывает на принадлежность к какому-то одному сословию. Единственное, что она говорит наверняка — о греческих корнях предка, носившего имя или прозвище Самаркис.