Фамилия Самаркины образована от прозвища Самарка, и корень здесь, скорее всего, не имеет отношения к городу на Волге. В основе лежит нарицательное «самара» — так в старину называли длиннополую крестьянскую одежду, своего рода балахон. Прозвище Самарка, таким образом, относилось к «профессиональным» именованиям: так могли прозвать человека, который шил такие балахоны, то есть портного. Поэтому основатель рода Самаркиных, по всей вероятности, был мастером, обеспечивавшим земляков этой необходимой в крестьянском быту одеждой.

Связь фамилии с названием города Самара выглядит менее правдоподобной. Хотя такие случаи в русской ономастике встречаются, для прозвищной модели, которая здесь очевидна, более естественно опираться на бытовое слово, а не на топоним. К тому же слово «самара» в значении одежды бытовало в народных говорах, что делает эту версию более убедительной.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ин — указывает на принадлежность: Самаркин означает «сын Самарки». Это один из самых распространённых типов русских фамилий, который закрепился за потомками человека с таким прозвищем. Интересно, что фамилия сохранила именно эту форму, а не, скажем, Самарков, что тоже встречается, но реже. Выбор суффикса -ин здесь закономерен: он типичен для основ, оканчивающихся на -а.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в каждом регионе он шёл своими темпами. Можно лишь сказать, что прозвище Самарка могло возникнуть там, где был распространён этот вид одежды, а сама фамилия — закрепиться в среде крестьянства и посадских людей.

Самаркины — это не громкая дворянская династия, а скорее памятник народной культуре, запечатлевший в одном слове и предмет быта, и ремесло, и имя конкретного человека, который этим ремеслом кормился.