Фамилия Самаркина чаще всего отталкивается не от названия города, а от нарицательного слова «самара» — так в старых говорах называли длиннополую крестьянскую одежду вроде балахона. От этого слова и образовалось прозвище Самарка, которое, скорее всего, носило «профессиональный» оттенок: так могли прозвать портного, который шил такие балахоны. Выходит, что родоначальник Самаркиных занимался конкретным ремеслом, и это ремесло закрепилось за ним в виде прозвища, а уже потом перешло к потомкам.

Сам механизм появления фамилии здесь типичен для русской ономастики: прозвище Самарка плюс притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей ты?». То есть Самаркина буквально означает «дочь или жена Самарки», а в более широком смысле — человек из рода Самарки. Такая модель с суффиксом -ин чаще встречалась в северных и центральных русских землях, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены.

Связь с городом Самара возможна, но выглядит заметно слабее. Дело в том, что сам город получил своё имя от реки Самары, а название реки, по одной из версий, восходит к тюркским или иранским корням со значением «степная», «широкая» или «водная». Но если бы фамилия образовалась от названия города, мы бы скорее ожидали форму Самарский или Самарин, а форма Самаркин указывает именно на личное прозвище, а не на географическую принадлежность. К тому же слово «самара» в значении одежды зафиксировано в народных говорах, что делает «портновскую» версию более убедительной.

Впрочем, нельзя полностью исключать и другой вариант: в некоторых диалектах «самарой» могли называть и длиннополую верхнюю одежду, и мешковатого, неуклюжего человека. Если прозвище дали за внешность или походку, то смысл фамилии меняется — но и тогда основа остаётся той же, просто указывает не на занятие, а на характер или облик предка. Такое смешение значений для прозвищ не редкость: одно и то же слово в разных местностях могло давать разные по смыслу именования.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и посадские люди. Но ремесленная основа прозвища чаще встречается в среде мастеровых и торговых людей, где прозвища по занятию были естественным способом отличать людей в небольшой общине. Окончательная форма Самаркина закрепилась за женщинами, а мужской вариант — Самаркин — остался в документах как основная родовая форма.