Фамилия Самаркова в большинстве случаев восходит к прозвищу Самарок, а не к названию города. В основе прозвища лежит нарицательное «самара» — так в старину называли длиннополую крестьянскую одежду, своего рода балахон. Прозвища, образованные от названий одежды, обычно относились к «профессиональным» именованиям: они указывали на род занятий человека. Поэтому логично предположить, что основатель рода Самарковых был портным, который шил такие балахоны, либо же сам постоянно носил подобную одежду, за что и получил своё прозвище.

Менее вероятна связь фамилии с городом Самара. Эта версия существует, однако у неё слабая опора. Топоним Самара, по одной из гипотез, выводят из греческих слов «samar» (купец, торговец) и «ra» (древнее название Волги), но эта этимология остаётся спорной. Даже если она верна, прозвище Самарок от названия города образовалось бы скорее у человека, который оттуда приехал, но тогда мы бы ожидали форму «Самаров» или «Самарский». Суффикс -ок в прозвище Самарок указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму, что типично именно для прозвищ от нарицательных слов, а не от топонимов.

Сама фамилия Самаркова — это форма женского рода, мужской вариант — Самарков. Она образована по стандартной модели: к прозвищу Самарок добавили притяжательный суффикс -ов, который указывал на принадлежность: «сын Самарка». В русской ономастике такая схема — самая распространённая, она закрепилась в XV–XVII веках, когда фамилии формировались у крестьян и посадских людей.

Интересно, что прозвище Самарок могло закрепиться и за человеком с определённой манерой одеваться. В некоторых говорах «самарой» называли не только балахон, но и верхнюю распашную одежду вообще. Если предок Самарковых был заметен своим долгополым кафтаном, окружающие легко могли дать ему такое прозвище — без всякой связи с ремеслом. Так что версия о портном правдоподобна, но не единственная.

В документах фамилия встречается в разных регионах, что типично для прозвищных фамилий: они возникали независимо в разных местах. Единого «родового гнезда» у Самарковых нет, и это нормально для фамилии, образованной от бытового прозвища. Стоит помнить и о том, что в отдельных случаях фамилию могли дать по названию реки Самары или города, но такие случаи — скорее исключение, и их трудно отделить от основной версии без генеалогических изысканий.

Если коротко: Самаркова — фамилия, которая говорит о прозвище предка, связанном с одеждой. Скорее всего, он либо шил балахоны, либо просто носил длиннополую «самару». Городская версия остаётся на периферии — она возможна, но менее убедительна с точки зрения словообразования.