Фамилия Самекова — женская форма фамилии Самеков, которая образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы через суффикс -ов/-ев. Суффикс указывает на принадлежность: Самеков буквально означает «сын (или потомок) Самека». Вопрос упирается в основу — имя или прозвище Самек.

Самек, скорее всего, — это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени. Какая именно? Здесь есть два основных варианта, и оба имеют право на существование. Первый — от имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). Второй — от имени Самсон (древнееврейское «солнечный»). В русской народной среде оба имени давали производные формы: Сама, Самуня, Самоха и, конечно, Самек. Оба имени были распространены среди крестьян и духовенства, так что фамилия могла возникнуть в любой из этих сред.

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвище Самек от тюркского слова «самек» (или близкого по звучанию), которое в некоторых языках означает «рыба» или «рыбный». Но для русской фамилии такая основа редка, и если фамилия не встречается массово в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием, версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Самекова не привязана к какому-то одному региону — она встречается и на юге России, и в Поволжье, и в Сибири, что как раз характерно для фамилий, образованных от распространённых церковных имён. Носительницы этой фамилии могли быть потомками крестьянина, мещанина или священника — по фамилии это не определить, потому что модель «имя + -ов» была универсальной для всех сословий.

Что отличает эту фамилию от десятка похожих (вроде Самохвалов или Самошин) — это редкая основа. Самек — нечастая форма, в отличие от, скажем, Саша или Саня. Поэтому можно с осторожностью предположить, что предок носителя фамилии был человеком, которого в семье или в деревне называли именно так, и это имя закрепилось за родом.