Фамилия Самонков — один из тех случаев, где первое впечатление (связь с именем Самсон) может оказаться неверным. Разберёмся по порядку, отталкиваясь от самого неочевидного — суффикса.

Самонков образована с помощью суффикса -ов, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность («чей?» — сын Самонка). Но основа здесь — не каноническое церковное имя, а его народная, разговорная форма. В русской ономастике хорошо известен ряд сокращённых имён: Иван — Иванко, Пётр — Петрунко, а также Самон — Самонко. Имя Самон — это не искажённый Самсон, а самостоятельное крестильное имя греческого происхождения (от «самос» — высокий, или, по другой версии, от названия острова Самос). В святцах оно встречается реже, чем Самсон, но в быту, особенно в южнорусских и украинских землях, имя Самон было вполне употребимо. Таким образом, Самонко — уменьшительное от Самон, а Самонков — «сын Самонка».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Самоня (или Самона). В диалектах слово «самон» могло означать «самолюбивый», «своенравный» человек, «самодур» (ср. с «сам» — сам по себе). В этом случае фамилия образована не от имени, а от характеристики человека, получившего прозвище за независимый или упрямый нрав. Однако прозвищная версия слабее: гораздо чаще в основе фамилий на -ов лежат именно уменьшительные формы крестильных имён, а не нарицательные слова.

Географически фамилия Самонков тяготеет к центральным и южным областям России, а также к Украине. Встречается она нечасто, что подтверждает редкость самого имени Самон в церковном календаре. Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, — преимущественно крестьяне и мещане, то есть фамилия недворянская, «простонародная», закрепившаяся в среде, где крестильные имена часто употреблялись в уменьшительной форме.

Если сравнивать Самонкова с однокоренными фамилиями (Самонов, Самонин, Самоненко), то все они восходят к той же основе — имени Самон. Разница только в суффиксах: -ов (русский), -ин (русский, от основ на -а), -енко (украинский). Самонков выделяется именно формой на -ко, которая в русских фамилиях встречается реже, чем на Украине, что может указывать на южнорусские или малороссийские корни конкретной ветви рода.