Фамилия Самонкин образована от имени или прозвища Самонка. В основе лежит уменьшительная форма от крестильного имени Самон (каноническая форма — Самон, от древнееврейского «послушный»). Имя Самон было распространено в крестьянской среде, и на его базе возникла целая группа фамилий: Самонов, Самонин, Самонкин. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Самонка — человек, связанный с Самоном, вероятно, его сын или потомок.

Интересно, что фамилия Самонкин не входит в число массовых русских фамилий, но встречается в нескольких регионах, особенно в Поволжье и центральных областях России. Это говорит о том, что её носители — потомки локальной группы крестьян или ремесленников, а не выходцы из столичных сословий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм имён, -кин типичен для прозвищных и уменьшительных основ, что подчёркивает бытовой, неофициальный характер исходного имени.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «самон», которое в некоторых говорах означало «самоуверенный человек» или «зазнайка». Однако в ономастике более надёжным считается происхождение от личного имени, поскольку прозвища с таким корнем редки и не зафиксированы в словарях русских прозвищ.

Таким образом, предки современных Самонкиных — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди, которых в быту звали Самонками. Фамилия сохранила память об имени, которое почти вышло из употребления, но в XVI–XVII веках было обычным в русских деревнях.