Фамилия Самонкина — женская форма фамилии Самонкин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем. Основа здесь — «Самонка», что является уменьшительно-ласкательной или просторечной формой от крестильного имени Самон. В святцах это имя встречается редко, но оно существует: так звали одного из ветхозаветных судей израильских (в русской традиции — Самон). Однако в народной среде имя Самон могли воспринимать как вариант более распространённого Самуил или даже как самостоятельное прозвище, образованное от слова «сам» (ср. «самоход», «самородок»). Разговорная форма «Самонка» типична для северных и центральных говоров, где окончание «-ка» часто добавляли к именам для выражения фамильярности или принадлежности к младшему поколению.

Модель образования фамилии — патронимическая: суффикс «-ин» указывает на принадлежность (чьих будешь? — Самонкин, то есть сын или потомок Самонки). Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, характерная для имён, оканчивающихся на «-а» или «-я». Стоит отметить, что фамилия Самонкин (и, соответственно, Самонкина) встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — например, в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно указывает на то, что предки носителей фамилии были выходцами из старообрядческих или крестьянских общин, где любили использовать уменьшительные формы имён в качестве фамильных прозвищ.

В отличие от фамилий, образованных от полных канонических форм (типа Самонов), форма Самонкина говорит о более тесной, бытовой связи с именем. Если Самонов мог быть записан по документам, то Самонкин — это «домашнее» прозвище, которое закрепилось в устной традиции. Спорных версий здесь немного: иногда основу пытаются связать с греческим «самос» (высокий) или с тюркским корнем, но это натяжка — имя Самон имеет славянское происхождение через церковный календарь. Таким образом, для большинства современных носительниц фамилии Самонкина её значение прозрачно: «принадлежащая потомку того, кого в деревне звали Самонка».