Фамилия Самононов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы разобраться, что она означает, стоит начать не с корня, а с суффикса. В ней отчетливо видна модель -онов, которая характерна для русских фамилий, образованных от основ на -о- или -а-. Чаще всего такой суффикс присоединяли к прозвищам или именам, заканчивающимся на -о, например, Самоно. Исходное прозвище Самоно могло быть вариантом имени Самуил (в просторечии Самойло, Самоха, Самона) или же производным от глагола «самонить» — в некоторых говорах так называли человека, который делает что-то сам, без чужой помощи, то есть самодеятельного, самостоятельного мастера. Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в диалектах встречается слово «самон» (сам, один, одиночка), откуда и могло пойти прозвище.

Если опираться на антропонимику, фамилия скорее всего крестьянская или посадская. Суффикс -онов в русской ономастике встречается реже, чем -ов или -ев, и часто указывает на южнорусское или восточное влияние. Учитывая, что основа «Самоно-» не имеет очевидных параллелей с известными фамилиями (как, скажем, Самонов от Самон), можно предположить, что носители фамилии Самононов происходят из регионов, где бытовали формы имени Самойло с окончанием на -о, а затем фамилию «подогнали» под более привычную модель с -ов. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования не описаны отдельно, что подтверждает редкость фамилии.

Социальный контекст прост: до отмены крепостного права фамилии на -онов чаще всего получали крестьяне и однодворцы, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Таким образом, предки Самононовых — скорее всего, вольные или крепостные крестьяне из центральных или южных губерний России, получившие фамилию по прозвищу или уменьшительной форме имени Самоно.