Фамилия Самотоин восходит к прозвищу Самотой. Скорее всего, в его основе лежит диалектное слово «самотя», которое имеет значение «себялюбивый, эгоист». Вполне вероятно, прозвище носило иронический характер и давалось человеку с целью указать на его недостатки, дурные привычки. Однако в основу фамилии могло лечь и белорусское слово «самота» – «грусть тоска, уныние». Слова с подобным значением есть также в польском (samotny – «одинокий») и чешском (samotаr – бирюк, бобыль) языках В этом случае Самотоем прозвали отшельника, затворника либо апатичного и занудливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Самотой, со временем получил фамилию Самотоин.