Фамилия Самотоин — редкий пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его потомками. В её основе лежит прозвище Самотой, а само слово, скорее всего, имеет диалектное происхождение.

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным словом «самотя» — себялюбивый, эгоист. Такое прозвище носило иронический характер: его давали не в похвалу, а чтобы указать на дурные привычки или недостатки человека. Однако есть и другая, не менее интересная возможность. В белорусском языке есть слово «самота» — грусть, тоска, уныние. Близкие по смыслу слова встречаются и в других славянских языках: польское samotny означает «одинокий», чешское samotar — бирюк, бобыль. Если принять эту версию, то Самотоем могли прозвать отшельника, затворника или просто апатичного, занудливого человека.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательную модель образования: Самотоин — это «сын Самотоя», потомок человека с таким прозвищем. Такая модель типична для русских фамилий, но в данном случае обращает на себя внимание редкость самой основы. Фамилии от корня самот- встречаются нечасто, что делает Самотоиных заметным исключением на фоне более распространённых фамилий, образованных от имён или профессий.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и письменные источники по такой редкой фамилии могли просто не сохраниться. Но даже без точной датировки ясно, что фамилия Самотоин — памятник славянской лексики, сохранивший в себе слово, которое сегодня почти вышло из живого употребления.