Фамилия Самшина — женская форма фамилии Самшин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Самша. Самое простое и вероятное объяснение: в основе лежит слово «самша» — так в некоторых русских говорах называли самшит, вечнозелёное дерево с очень твёрдой древесиной. Прозвище Самша могли дать либо плотнику, работавшему с этим материалом, либо человеку с несгибаемым, «крепким» характером.

Версия с растением — основная, но не единственная. В ономастике известны случаи, когда Самша — это производная форма от крестильного имени Самуил (через народное Самойла и краткое Сама). Или же от имени Савва (через Савша). В таком случае фамилия Самшин (Самшина) оказывается в одном ряду с Самохиным, Саввиным и Самойловым. Различить эти версии по современной фамилии почти невозможно, но прозвищный вариант с «самшитом» звучит более специфично и потому запоминается.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Самша — глава семьи, Самшина — его жена, вдова или дочь. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких деревень, где прозвище прижилось и дало начало роду.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Самшилов, Самшитов) показывает, что все они редки и явно связаны с ремеслом или особенностью внешности. Никакого отношения к дворянству или известным историческим родам у Самшиных нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового прозвища.