Фамилия Саишина — женская форма, мужской вариант — Саишин. В её основе лежит имя или прозвище Саиша, а в нём слышится восточный оттенок. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Саишин — сын или потомок человека по имени Саиша.

Корень фамилии, скорее всего, восходит к тюркскому или арабскому имени Саид (в разных диалектах — Саит, Саитша, Саиш). Саид означает «счастливый», «господин», «благородный». В татарской, башкирской и других тюркских средах имя Саит было распространено, а уменьшительно-ласкательная форма Саиша вполне естественна. Не исключено, что Саиша — это местный вариант имени Саидшах или Саитшах, где вторая часть «шах» со временем редуцировалась.

Географически фамилия Саишина встречается редко, и её ареал — преимущественно Поволжье и Урал, где исторически сильны тюркские и мусульманские традиции. В русской ономастике такие фамилии нередко возникали у крещёных татар или башкир, которые сохраняли в основе дохристианское имя. Поскольку фамилия не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, её носители, вероятно, происходили из крестьян или мещан.

Таким образом, Саишина — фамилия с ясным восточным корнем, указывающим на предка по имени Саиша (форма от Саид). Она редка, но её происхождение не вызывает серьёзных споров: это типичный пример адаптации тюркского имени в русской фамильной системе через притяжательный суффикс.