Фамилия Саишева, скорее всего, происходит от мужского имени Саиш. Это имя — одна из многочисленных народных, обиходных форм канонического имени Савва (от арамейского «старец, дед»). В русской среде имена часто укорачивали, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы: Сава — Савка — Савушка, но в некоторых говорах, особенно на юге и востоке, звук «в» перед гласными мог выпадать, а «ш» возникало как результат упрощения сочетаний. Так из Савва могло получиться Саиш.

Основу фамилии составляет имя Саиш, а суффикс -ев указывает на принадлежность: Саишев — «сын Саиша». По такой же модели образованы фамилии Савушкин, Савин, Савичев, но Саишева стоит несколько особняком из-за редкого перехода «в» в «и» и появления «ш». Форма Саишева — женский вариант фамилии, носительница которой — потомок человека по имени Саиш.

Географически фамилия редкая и, по косвенным данным, встречается в Поволжье, в частности в Татарстане и соседних областях. Это не случайно: в тюркской среде русские имена часто адаптировались по-своему, и имя Савва могло получить местное звучание. Также нельзя полностью исключать, что в основе лежит тюркское слово «саиш» (мир, согласие) или арабское «саиш» (живущий, существующий), но в таком случае фамилия скорее писалась бы через «ай» или «аи», а не через «аиш». Версия с русским именем Савва выглядит убедительнее.

Носители фамилии Саишева, судя по всему, происходят из крестьянской или мещанской среды, где имя Савва было распространено, а его уменьшительные формы — обычное дело. Сословных привилегий фамилия не отражает: это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от имени предка.