Фамилия Самсонеко — один из тех случаев, когда украинское происхождение выдают не суффиксы -енко или -ко, а сама модель образования. В украинской ономастике фамилии на -енко (и их усечённая форма -ко) означали «сын такого-то» или «потомок», причём часто образовывались не от полного имени, а от его разговорной формы. Здесь основа — библейское имя Самсон, которое в народной украинской среде звучало как Самсон или Самсонь. Прибавив суффикс -ко, получили Самсонько, а затем, в результате типичного для украинской фонетики перехода «нь» в «н» перед суффиксом, — Самсонеко. То есть фамилия буквально значит «Самсонов сын» или «маленький Самсон».

Интересно, что в отличие от русских фамилий на -ов (Самсонов), которые тоже распространены, украинское Самсонеко сохранило более архаичную патронимическую форму. В русской традиции фамилия на -ов закрепилась как наследственная уже в XVI–XVII веках, а украинские фамилии на -енко долго оставались именно «отчествами по отцу» и могли меняться в каждом поколении. Самсонеко — пример того, как фамилия «застыла» в той форме, которая в других случаях была временной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине. Встречается она и в южных регионах, куда в XIX веке переселялись крестьяне. Носители этой фамилии, как правило, были из крестьянского или казацкого сословия — имя Самсон в народе не было редким, его давали в честь библейского героя, а в казацкой среде ценили за ассоциацию с силой и удалью.

Есть и более редкая версия, связывающая фамилию не с именем, а с прозвищем Самсон — так могли назвать силача или рослого человека. Но здесь важно, что в украинском языке прозвища на -енко образовывались редко: эта модель почти всегда указывала на родство, а не на качество. Поэтому версия с именем-основой выглядит убедительнее.

В написании фамилии возможны варианты: Самсоненко (с двумя «н») — более распространённый, но Самсонеко встречается как диалектное или орфографическое упрощение. Встречается и форма Самсонько, но она уже совсем редкая.