Фамилия Самсоненко отвечает на вопрос «чей ты?» — и отвечает прямо: потомок человека по имени Самсон. Это типичная украинская фамилия, построенная по модели «имя отца + суффикс -енко». Такой суффикс в Украине с XVI–XVII веков массово обозначал сына, наследника, а позже закрепился как наследственный родовой знак. Поэтому Самсоненко буквально — «сын Самсона», «Самсонов наследник».

Имя Самсон пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. Библейский Самсон — знаменитый силач, судья Израиля, чьё имя означает «солнечный» или «посвящённый Богу». В православных святцах имя числится, его давали при крещении, и в народной среде оно не было редкостью. Отсюда и целый куст родственных фамилий: Самсонов, Самсонюк, Самсонычев, Самсоненков — все они выросли из одного имени, но в разных регионах и по разным словообразовательным моделям.

Суффикс -енко отличает южнорусские и украинские земли. Если на севере и в центральной России чаще говорили «Самсонов» — то есть «чей? Самсонов», — то на Левобережной Украине, в казацких полках, прижилась форма с уменьшительно-патронимическим -енко. Такие фамилии фиксировали принадлежность к роду: Самсоненко — это не прозвище по занятию, а именно отчество, застывшее в фамилию. Носитель такой фамилии в XVII–XVIII веках, скорее всего, происходил из казацкой или крестьянской среды, где подобные патронимы были основной формой именования.

В написании фамилия устойчива: Самсоненко не склоняется по падежам как типичная украинская фамилия на -енко, и в этом её бытовая особенность. Встречаются варианты с удвоенной «н» — Самсонненко, но они редки и обычно возникают из-за ошибок в документах. Изначальная форма — с одной «н», от имени Самсон.

Стоит отметить, что имя Самсон в народной среде иногда переосмысляли: его связывали со словом «сам» — «сам себе хозяин», «самодостаточный». Но это народная этимология, лингвистически она не подтверждается. Реальная основа — библейское имя, и фамилия Самсоненко честно сохраняет память о далёком предке, которого нарекли в честь ветхозаветного героя.