Фамилия Самусев (и её вариант Самусёв) ведёт начало от мирского имени Самус, которое служило просторечной формой крестильного имени Самуил. В переводе с древнееврейского это имя означает «услышанный Богом» или «испрошенный у Бога». Так что в основе фамилии лежит не прозвище, а личное имя предка, которое он носил в быту, вне церковного календаря.

Однако у этой фамилии есть и вторая, не менее важная линия происхождения. Имя Самусь, также ставшее основой для фамилии Самусёв, — это украинская уменьшительная форма того же Самуила. В этом случае смысл сохраняется: «услышанный Богом», «имя Божие». Разница между Самусевым и Самусёвым не только в ударении, но и в географии: форма с мягким знаком и ударным окончанием чаще встречается в украинской и южнорусской традиции, тогда как Самусев — более общерусский вариант.

Обе фамилии образованы по одной модели: к основе на -с добавлялся суффикс -ев, а не -ов, что естественно для имён и прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -сь. Потомок человека по имени Самус или Самусь со временем получал фамилию, отвечающую на вопрос «чей ты будешь?» — Самусев, то есть сын, внук или правнук Самуса.

Интересно, что имя Самуил в народной среде давало целый веер производных форм: Самуйло, Самуха, Самуш, Самусь. От каждой из них могли возникнуть самостоятельные фамилии — Самуйлов, Самухин, Самушев, Самусьев. Фамилия Самусев, таким образом, вписывается в этот ряд, но отличается тем, что её основа усечена и звучит более просто, по-домашнему. В документах XVIII–XIX веков, когда фамилии только закреплялись, такие формы нередко записывали на слух, поэтому в одной семье могли сосуществовать написания Самусев и Самусёв, а иногда даже Самосев — под влиянием греческого имени Самос, которое тоже встречалось в святцах.

Если говорить о правдоподобности версий, то основная — от Самуила через форму Самус. Альтернативная гипотеза, возводящая фамилию к греческому острову Самос или к имени Самос, выглядит слабее: она не объясняет суффикс -ев и не находит опоры в русской антропонимии, где такие географические заимствования редки. Поэтому для большинства носителей фамилии Самусев правильнее видеть в ней память о предке, носившем библейское имя в его разговорном, народном обличье.