Фамилия Самусев (и её вариант Самусёв) восходит к мужскому имени Самуил. В переводе с древнееврейского оно означает «услышанный Богом», также встречается толкование «испрошенный у Бога» или «имя Божие». В народной среде это каноническое имя не прижилось в полной форме, зато дало жизнь многочисленным просторечным и уменьшительным вариантам. Одним из них стало имя Самус или Самусь, которое и легло в основу фамилии.

Разница в написании — Самусев и Самусёв — отражает особенности произношения в разных регионах. В русском языке под ударением после шипящих и некоторых согласных пишется «ё», но на письме эту букву часто заменяют на «е». Поэтому обе формы существуют параллельно и обозначают одну и ту же фамилию. В украинской традиции, где имя Самусь особенно распространено, ударение чаще падает на последний слог, отсюда и форма Самусёв.

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: к основе имени Самус добавили притяжательный суффикс -ев. Такой суффикс использовали, когда основа оканчивалась на мягкий согласный. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей?» и означала «сын Самуса» или «человек из семьи Самуса». Со временем притяжательное значение стёрлось, и фамилия закрепилась как наследственное родовое имя.

Интересно, что имя Самуил и его производные имели разную судьбу у разных народов. У русских чаще использовали формы Самуила, Самуйла, а вот Самусь — это скорее украинская и белорусская традиция. Поэтому можно предположить, что предки Самусевых происходили из юго-западных земель или из тех областей, где ощущалось украинское влияние. Впрочем, фамилия встречается и в северорусских говорах, где имя Самус могло возникнуть самостоятельно как упрощённое произношение.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно. Фамилии у крестьян и мещан массово закреплялись только в XIX веке, хотя отдельные случаи фиксируются раньше. Процесс был длительным, и одна и та же фамилия могла появиться независимо в разных губерниях. Можно лишь утверждать, что родоначальник Самусевых был человеком незнатного происхождения — фамилия явно народная, без книжной обработки, с живым разговорным звучанием.

Родственными Самусевым будут фамилии Самуйлов, Самуилов, Самуленко, Самусь, а также Самсонов. Последняя образована от другой формы того же имени — Самсон, которую нередко путали с Самуилом. Все они восходят к одному библейскому корню, но развивались разными путями. Если Самусевы — это потомки Самуса, то Самсоновы — потомки Самсона, и смешивать их не стоит, хотя в народном сознании границы между этими именами часто размывались.