Фамилия Самусьева — женская форма, а её мужской вариант Самусьев. В основе фамилии лежит имя или прозвище, и здесь есть несколько равноправных версий. Самая прямая: от разговорной формы крестильного имени Самуил. В народе это имя звучало как Самойло, Самуйла, а Самусь — один из усечённых вариантов, вроде Савва — Саввушка. Такие формы на -усь (-уся) типичны для украинского, белорусского и южнорусского говоров: Маруся, Ванюся, Самусь. Если предок был Самусь, то его сын становился Самусьевым — то есть «чей?» — Самусьев.

Но есть и вторая версия, не менее любопытная. В русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, «самусь» или «самуха» — прозвище человека, который всё делает сам, без помощников, сам себе хозяин. В словаре Даля зафиксировано слово «самуй» (сам-себе-господин). Такое прозвище могли дать крестьянину-единоличнику, не входящему в общину, или ремесленнику, работающему в одиночку. Фамилия тогда образована не от имени, а от бытового прозвища по характеру или образу жизни — и это не редкость.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на ц: Самусь → Самусьев. В XVII–XVIII веках такие фамилии чаще встречались в южных и западных уездах России, а также на землях бывшего Речи Посполитой, где были сильны украинские и белорусские диалекты. Поэтому географически фамилия Самусьев/Самусьева тяготеет к Смоленщине, Брянщине, Курской области, а также к Воронежской и Ростовской областям — зонам смешения великорусского и малорусского населения.

В сословном плане носители фамилии — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет, и это нормально для фамилии, образованной от имени-прозвища. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается вариант написания «Самусев» (с одним «с»), но он редок и, скорее всего, результат ошибки писаря или местного произношения. Окончательное закрепление двойного «с» произошло в советское время при паспортизации.