Фамилия Самушенко — типичный пример восточнославянской модели на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась на территории современной Украины как обозначение потомка, «малого», сына. Суффикс -енко в украинской ономастике работает как уменьшительно-патронимический: Самушенко буквально означает «сын Самуша». В основе лежит имя Самуш — народная, обиходная форма канонического имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). Уменьшительные суффиксы -уш, -юш, -аш в украинской и белорусской среде активно использовались для образования домашних имен: Самуш, Самусь, Самук — все они восходят к одному корню.

Если смотреть на словообразовательную цепочку, то Самушенко — это не просто «сын Самуила», а «внук (или потомок) Самуша». Имя Самуил было широко распространено среди православного населения Речи Посполитой, особенно в казацкой среде, где библейские имена нередко давали в упрощенной форме. В метрических книгах XVII–XVIII веков на Левобережной Украине встречаются записи о крестьянах и казаках с именем Самуш, от которого позже и образовалась фамилия.

Географически фамилия Самушенко исторически тяготеет к Полтавщине, Черниговщине и Слобожанщине — регионам, где украинская патронимическая модель на -енко была основной. В российских переписях XIX века носители фамилии фиксировались в Харьковской и Екатеринославской губерниях, среди государственных крестьян и мещан. Встречаются и варианты написания — Самушенко, реже Самушенков, но последнее — результат русификации суффикса.

Спорных версий происхождения у фамилии немного. Иногда ее ошибочно связывают с польским szamusz (суматоха, шум) или с тюркскими корнями, но это маловероятно: имя Самуш надежно фиксируется в православных святцах как народная форма Самуила, и нет оснований искать иноязычные параллели. Таким образом, предки носителей фамилии Самушенко — это люди, чьего отца или деда звали Самуш, то есть Самуил в бытовом произношении, и жили они, скорее всего, в украинских селах, занимаясь земледелием или казацкой службой.