Фамилия Самушева — женская форма от Самушев, и её основа почти наверняка связана с крестильным именем Самуил. Это ветхозаветное имя, означающее «услышанный Богом», в русской народной среде давало множество производных форм: Самуха, Самуша, Самушка. Уменьшительное Самуша и стало прямым источником фамилии — так в быту могли называть человека, носившего полное имя Самуил. Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе Самуш- добавляется притяжательный суффикс -ев (после мягкого согласного), указывающий на принадлежность «сын Самуши» или «из семьи Самуши».

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит не имя, а прозвище. В говорах слово «самуша» могло звучать иронично — так дразнили нерасторопного, медлительного человека (сравните с диалектным «самуха» — соня, мешок). Однако в ономастике приоритет всегда отдают антропонимической версии: массовые русские фамилии на -ов/-ев чаще образовывались от канонических имён, чем от редких прозвищ.

Географически фамилия Самушев (и Самушева) встречается нечасто, но имеет заметный след на юге России — в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает её происхождение от имени Самуил, популярного в среде старообрядцев и в крестьянских семьях, где библейские имена давали без строгой церковной записи. В XIX веке носители фамилии могли быть государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с более распространёнными Самуйлов, Самохин, Самусев. Но Самушев — редкий вариант, сохранивший именно ласкательную форму имени. Если у вас фамилия Самушева, ваши предки, скорее всего, звались в обиходе Самушей, а официально — Самуилами. Никакой тайны или сложной истории здесь нет: обычная крестьянская фамилия, выросшая из простого и тёплого домашнего имени.