Фамилия Самушенкова — женская форма от Самушенков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от мужского имени или прозвища, но здесь интереснее основа. В основе лежит имя Самуша — уменьшительная форма от Самуил (церковная форма древнееврейского Шмуэль, «услышанный Богом»). В русской народной традиции имя Самуил давали нечасто, но в крестьянской среде оно встречалось, особенно на севере и в центральных губерниях, где библейские имена адаптировали в бытовые варианты: Самуха, Самуня, Самуша.

Суффикс -енк- в фамилии Самушенков — не украинский, а скорее севернорусский или псковский. В отличие от южнорусских фамилий на -енко (без дополнительного суффикса), форма с -енков встречается в регионах, где патроним сначала оформляли через -енок, а потом добавляли -ов: Самушенок → Самушенков. Это указывает на возможное происхождение предков из Псковской, Новгородской или Тверской губерний, где такая модель была распространена. В украинских землях фамилия звучала бы как Самушенко, без конечного -в.

Прозвищный вариант тоже возможен, но менее вероятен. В некоторых говорах «самуша» могло означать «сам себе на уме», «тихоня» или «упрямец» — от слова «сам» с экспрессивным суффиксом. Однако документальных подтверждений такому прозвищу в ономастике нет, а связь с именем Самуил проще и надёжнее.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, носители Самушенковых встречаются в основном в Псковской области и в Москве, куда могли переехать в XX веке. Сословно — почти наверняка крестьянский корень: в дворянских родах имя Самуил не было популярным, а в мещанской среде фамилии на -ов чаще давали по отцу, а не по прозвищу. Таким образом, предки Самушенковых — крестьяне, чей предок носил имя Самуил, в быту сокращённое до Самуши, а их потомки получили фамилию по отчеству: «чей?» — Самушенков.