Фамилия Самутин вряд ли связана с библейским именем Самуил, хотя такое предположение напрашивается первым. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Самута. В русских говорах слово «самута» означало «смута», «ссора», «тревога», а «самутный» — «беспокойный», «мятежный», «вздорный». Так могли прозвать человека с неспокойным нравом, зачинщика ссор или того, кто постоянно суетится и создаёт шум. В этом смысле Самутин — «сын Самуты», то есть потомок такого беспокойного человека.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый или мягкий согласный, -ин характерен для основ на -а/-я. Самут(а) → Самутин. Эта модель типична для северных и центральных областей России, где притяжательные фамилии на -ин особенно распространены.

Версия с происхождением от имени Самуил (через форму Самута) менее вероятна, хотя полностью исключать её нельзя. Уменьшительные формы от Самуила обычно другие: Самуилов, Самуйлов, Самоха, Самойла. Форма «Самута» для этого имени нехарактерна и встречается редко. Поэтому прозвищное происхождение от «самуты» выглядит естественнее.

Интересно, что фамилия Самутин встречается в основном в двух регионах: на Вятке и в Тверской области. Это может говорить о том, что прозвище Самута бытовало локально, а не повсеместно. В вятских говорах слово «самутный» фиксируется в значении «сумбурный, неспокойный», что подтверждает этимологию. Тверские Самутины, возможно, получили фамилию от того же корня, но с другим оттенком — «самутить» там означало «мутить воду, баламутить».

Родственных фамилий немного: Самутов, Самутихин, Самутинцев. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном, а не едином происхождении. Самутин — не частая фамилия, но её корень хорошо вписывается в русскую прозвищную традицию, где характер человека становился его вторым именем.