Фамилия Самутина — женская форма, а мужская, Самутин, встречается заметно реже. В русской модели фамилий на -ин обычно указывают на принадлежность к предку: «чей?» — Самутин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Самута. Основа здесь — Самут-, и это нестандартный корень, который не укладывается в один простой вариант.

Самый вероятный источник — прозвище или неканоническое имя Самута. Оно могло возникнуть от диалектного глагола «самутить» — взбаламутить, поднять муть, внести смуту. В северных и центральных говорах так говорили о человеке беспокойном, склонном к ссорам или смутьянстве. В этом случае Самута — прозвище по характеру, а Самутины — его потомки. Слово «самута» встречается в старорусских документах как синоним смуты, раздора, что подтверждает такую этимологию.

Есть и более редкая версия: связь с крестильным именем Самуил. В просторечии Самуила могли звать Самутой или Самойлой, и фамилия Самутин могла образоваться от уменьшительной формы Самута. Но это менее вероятно, потому что от имени Самуил чаще шли фамилии Самойлов, Самуйлов, Самулин. Форма Самута для Самуила нехарактерна.

Географически фамилия Самутина тяготеет к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Ленинградская области. Там же встречаются однокоренные Самутов, Самутихин, Самухин. Если ваши предки оттуда, скорее всего, прозвище было местным, а не пришлым. В сословном плане Самутины — почти наверняка крестьяне или мещане, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Коротко: фамилия Самутина образована от прозвища Самута («смутьян, беспокойный человек») с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Альтернативная связь с именем Самуил возможна, но слаба.