Фамилия Самутенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая исторически означала «сын» или «потомок» (как уменьшительная или патронимическая форма). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились за крестьянами и дворянами, суффикс -енко стал визитной карточкой казацкой старшины и мещанства Гетманщины и Слобожанщины. Поэтому носитель фамилии Самутенко с высокой вероятностью происходит из украинских земель, где предок был известен под именем Самута.

Основа фамилии — Самута — разговорная, народная форма от канонического имени Самуил. В православных святцах Самуил означает «услышанный Богом», но в быту имя сокращали, добавляли суффиксы субъективной оценки: Самута — это что-то вроде «маленький Самуил» или «Самуил, которого ласково называют». Такая модель словообразования типична для украинской антропонимии: подобные фамилии давали не по профессии или прозвищу, а по имени отца, чтобы отличить одного Самуила от другого в селе.

Географически фамилия Самутенко распространена в центральных и восточных областях Украины — особенно в Черкасской, Полтавской, Киевской, а также в приграничных районах России, куда в XIX веке переселялись украинские крестьяне. Встречаются и варианты написания: Самутенко, Самутёнко, но основная форма закрепилась через суффикс -енко, который в украинском языке не смягчается.

В отличие от фамилий Самуйленко или Самулевич, где корень «Саму-» более прозрачен, форма Самута могла возникнуть и как прозвище от диалектного глагола «самутити» (путать, сбивать с толку) в украинских говорах. Однако эта версия менее правдоподобна: в именных фамилиях суффикс -та чаще указывает на уменьшительное имя, а не на действие. К тому же в документах XVIII века встречаются записи «Самута, сын Самутенко» — прямая патронимическая связь.

Сословно фамилия не была элитарной: она типична для казаков и крестьян, которые в XIX веке массово записывались по отцу при ревизиях. Дворянских родов Самутенко в гербовниках нет, что подтверждает её народное происхождение.