Фамилия Самуто — редкая, и её происхождение неочевидно. Начать стоит с того, что она почти наверняка не русская по корню, а пришла из западных или южных славянских языков, либо из балтийских. В русской ономастике фамилии на -уто встречаются крайне редко и чаще всего указывают на литовское или польское влияние. Суффикс -уто (или -ута) характерен для литовских фамилий, особенно в форме мужского рода на -us, которая при русификации могла потерять окончание. То есть Самуто может быть адаптированным вариантом литовской фамилии Samutis или Samuta.

Основа «Сам-» может восходить к литовскому личному имени, например, к сокращённой форме от Samuelis (Самуэль, библейское имя, означающее «услышанный Богом»). В Литве и на бывших землях Великого княжества Литовского такие «усечённые» фамилии были в ходу: от крестильного имени отбрасывали часть, добавляли суффикс, и получалось прозвище, которое затем закреплялось за родом. Другая версия — связь с литовским словом samoti («понимать», «смекать»). В таком случае Самуто могло быть прозвищем смышлёного, толкового человека. Эта гипотеза менее вероятна, потому что глагольные основы в литовских фамилиях встречаются реже, чем именные.

Географически фамилия Самуто тяготеет к западу современной Беларуси и Литве, а также к польскому Подлясью. В России она практически не встречается. Если предки носителя фамилии жили на территории Российской империи, то, скорее всего, они были из числа мелкой шляхты или крестьян бывшего Великого княжества Литовского, чьи фамилии фиксировали в ревизских сказках уже в XVIII–XIX веках в непривычном для русского уха виде.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. В польском языке есть фамилия Samuta, в белорусском — Самута, в литовском — Samutis. Все они образованы по одной модели: от личного имени Самуэль (через промежуточную форму Самута) или от прозвища. Вариант «Самуто» с окончанием на -о — это, скорее всего, результат украинской или белорусской адаптации, где фамилии часто «среднего рода» на -о (как Шевченко, Нестеренко) не склонялись и воспринимались как неизменяемые. В русской среде такую форму могли закрепить при переезде или при записи в паспорт.

Таким образом, Самуто — фамилия, корни которой уходят в балтийский или восточнославянский регион, а основа, вероятнее всего, восходит к библейскому имени Самуил. Носитель этой фамилии может с большой долей уверенности искать предков на территории современной Литвы, западной Беларуси или восточной Польши.