Фамилия Санатарчук образована от прозвища Санатар, которое легло в основу рода. Суффикс -чук указывает на принадлежность: в украинской и молдавской традициях так называли сына, ученика или последователя, то есть «Санатаров сын» или «потомок Санатара». Такая модель типична для Подолья, Буковины и соседних регионов, где пересекались украинские, румынские и тюркские влияния.

Скорее всего, прозвище Санатар происходит от румынского слова sanatos — «здоровый», «разумный, здравый». Исходя из этого, можно предположить, что Санатаром называли здорового, сильного мужчину, умного, рассудительного человека. В говорах, где румынское влияние соседствовало со славянским, такое прозвище легко закреплялось за человеком, который выделялся крепким телосложением или трезвым умом.

Нельзя исключить и тюркскую версию. Например, оно могло быть образовано от монгольского слова «санат» — «благосклонный». Существует имя Санат, которое восходит к арабскому слову «санад» — «опора, поддержка, удача, счастье». Можно предположить, что прозвище Санатар происходит от одного из этих слов. В таком случае основатель рода Санатарчук мог быть удачливым и добрым человеком, на которого полагались окружающие.

Обе версии ведут к положительной характеристике предка, но румынская выглядит правдоподобнее: географически фамилия тяготеет к зонам румыно-славянского пограничья, где слово sanatos было обиходным. Тюркский след возможен, но менее вероятен для украинского суффикса -чук, который чаще прикреплялся к местным, а не заимствованным основам.

Позже прозвище Санатар, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Санатарчук — как память о предке, который либо блистал здоровьем, либо считался опорой семьи.